San Rafael La Independencia (San Rafael: en honor a San Rafael Arcángel) es un municipio del departamento de Huehuetenango de la región-nor-occidente de la República de Guatemala.
Los primeros pobladores que habitaron el municipio de San Rafael La Independencia fueron gente de raza akateka cuando llegaron al territorio de Huehuetenango, es por eso que la población de esa raza en el municipio es casi absoluta. El municipio formaba parte anteriormente del municipio de San Miguel Acatán como aldea. El lindero del municpio fue oficializado el 21 de mayo de 1931.