Conguaco, es el municipio de Jutiapa que conoceremos hoy.
Se conocen varias versiones sobre el origen del nombre Conguaco. Unos creen y aseguran que el nombre significa lugar de piedras hondas o conchas de moler; la versión más aceptada es que se deriva de la palabra Guaco que es una planta medicinal muy usada por los pobladores ya que hay en abundancia en el lugar.
Se cuenta que hace muchos años se padeció en la población una enfermedad llamada Colera Morvus la cual no podían combatir con ningún medicamento, hallándose, en ese entonces, como única cura la planta medicinal llamada Guaco, que hasta la fecha es buena para tratar problemas estomacales, y se cree que de allí se originó el nombre Conguaco, porque cuando alguien preguntaba a un padre de familia con que se había curado un enfermo, él contestaba que se había curado Con-Guaco.
El día de la fundación del municipio de Conguaco se remonta al año de 1825, aunque se afirma que tiene más o menos 457 años de existencia. Los habitantes de Conguaco son descendientes de la raza Pipil y Pocomam que a su vez habitaron en el Valle de Jalpatagua y Pasaco. En el siglo XVI se habla de una «anexión» de cuatro poblados próximos al pueblo, dicha anexión la conformaban Conguaco, Moyuta, Azulco Y Pasaco.
En el año 1740 Don Alfonso Crespo estableció una delimitación geográfica en la que menciona al pueblo de Conguaco con 103 indios de ambos sexos y de todas las edades. El Arzobispo Pedro Cortés y Larraz, llegó entonces a la parroquia de Conguaco en el año 1770 en su visita pastoral, en la obra de Domingo Jarros se anota que Conguaco era la cabecera del municipio de Guazacapan, esto se afirma en el anexo a la circular que fue enviada al Jefe político de Guatemala Gavino Gainza con fecha 7 de noviembre de 1821, en ocasión de la elección de diputados del Congreso de las Provincias Unidas de Centro América, Conguaco figura perteneciente al entonces municipio de Guazacapan.
Luego, Conguaco pasa a formar parte del municipio de Jalpatagua, según escritos de Pineda Montt. Conguaco pasa a formar parte del departamento de Jutiapa al dividirse del departamento de Mita en tres jurisdicciones conforme al decreto del 23 de febrero de 1848 al establecerse el departamento de Jutiapa por decreto del Gobierno el 8 de mayo de 1852.3 A la fecha no se ha encontrado documento alguno que mencione específicamente la fundación de Conguaco como municipio pero se supone que nació como pueblo en el periodo hispánico.
Cuentan que el lugar donde estaba asentada la población era una laguna y que a la orilla de dicho lugar encontraron una imagen muy parecida al apóstol San Pedro. Elaboraron un altar entre todos los feligreses, pero sucedía que en las noches desaparecía la imagen, esto pasaba con regularidad, por lo que decidieron edificar una iglesia, cuando escogieron el lugar para edificarla la laguna desapareció y el lugar se convirtió en una hermosa planicie y fue allí donde se construyó el templo y en sus alrededores inicio la edificación del pueblo de Conguaco.
